El titular de la Fiscalía General ante la Cámara Federal de Casación Penal Nº4, Javier De Luca,  interpuso un recurso extraordinario ​federal ​ante la Corte Suprema de Justicia de la Nación contra la sentencia de la Sala I de la Cámara Federal de Casación Penal  que rechazó el recurso de Casación interpuesto por la querella. Se trata de la causa donde se investiga al juez de instrucción, Luis Alberto Zelaya, ​acusado de haber cometido una serie de delitos para no investigar  “serias violaciones a los derechos humanos en un proceso a su cargo”.

El trámite recursivo tuvo inicio con el recurso de casación interpuesto por la parte querellante contra el pronunciamiento que liberó de todo cargo al titular del Juzgado en lo Criminal de Instrucción N°13 . Con una integración diferente a la actual, la​ Sala I de ​C​asación penal rechazó el planteo en 2010. Frente a ello, la querella interpuso recurso extraordinario, que también fue rechazado y originó la queja, a la que la CSJN hizo lugar y​,​en consecuencia​,​dejó sin efecto la sentencia apelada. ​ La Corte hizo suyos los argumentos del dictamen del Procurador Fiscal ante la Corte. ​

Así fue como de acuerdo a lo ordenado por el máximo tribunal, el expediente fue devuelto a la Cámara Federal de Casación Penal  y allí se pidió al MPF que opine del recurso  (de casación) presentado oportunamente por la querella. En esa oportunidad, el fiscal ante ​l​a Cámara ​de Casación ​hizo suyos los argumentos del Procurador Fiscal ​a​nte la Corte Suprema, los cuales habían sido compartidos por la Corte, y aportó otros. Solicitó que se haga lugar al recurso de interpuesto por las querellas y se case la resolución recurrida en cuanto había confirmado el sobreseimiento de Luis Alberto Zelaya.

​Sin embargo, l​a Sala I de la Cámara Federal de Casación Penal rechazó el recurso de casación interpuesto por la querella y no dio tratamiento al dictamen del Fiscal. Contra ese pronunciamiento, interpuso el mencionado recurso extraordinario el fiscal Javier De Luca.

El representante del Ministerio Público Fiscal refirió que a todas luces resulta descalificable la sentencia cuestionada como acto jurisdiccional válido, ya que “desconoce la autoridad del fallo que la Corte Suprema ha dictado en esta misma causa, en donde se dispuso la realización de una nueva sentencia conforme a lo allí resuelto; así también desconoce el derecho internacional de jerarquía constitucional aplicable al caso y, de ese modo, es apta para generar responsabilidad internacional del Estado Argentino, y  desconoce la independencia  y la obligación/potestad de promover la defensa de legalidad e intereses generales de la sociedad, en los procesos ante los que actúa el Ministerio Público Fiscal (art. 120 de la Constitución Nacional)”.

Asimismo, el representante del MPF explicó que la sala de casación ni siquiera trató los argumentos del recurso original de la querella ni los del Procurador ante la Corte y omitió expedirse sobre sus dichos confundiendo “mi potestad recursiva con la de opinar sobre los recursos de otras partes en defensa de la legalidad” .

De Luca agregó en su documento “no puedo dejar de soslayar que, por el caso que diera origen a este recurso, fue condenado el Estado Argentino por la Corte Interamericana. Es decir, el Estado Argentino habrá de responder hacia afuera (ante la Corte Interamericana), también por la conducta del juez Zelaya. Por eso ahora, aquí, estamos en la etapa en la que el juez Zelaya debe rendir cuentas internas, al Estado Argentino. La sentencia de la Cámara de Casación ignoró completamente estas circunstancias.”

En su momento, el procurador fiscal​ ante la Corte ​Eduardo Casal dictaminó que  “desde que Zelaya tomó a su cargo la causa y dictó el procesamiento con prisión preventiva de ocho funcionarios policiales, transcurrieron casi doce años.  Al respecto, consideró que hay dos cuestiones que revisten especial importancia: la primera radica en que no dictó ese auto sino hasta que la Cámara de Apelaciones en lo Criminal y Correccional Federal anuló la supuesta confesión que Bayarri había brindado en la causa en la que se le imputó participación en diversos secuestros extorsivos, por tener probado que fue sometido a torturas. “En mi opinión, es inevitable recordar en este punto algunas de las declaraciones (…), en cuanto expusieron -en ciertos casos a partir de expresiones de Zelaya- el motivo que habría guiado su actuación en la causa”. La otra es que la prueba que sustentó esas medidas ya estaba incorporada a la causa desde hacía 12 años, cuando él asumió como titular del juzgado en 1993.

“En consecuencia, pienso que el fallo apelado debe ser descalificado en lo que respecta al hecho analizado (…), por no constituir derivación razonada del derecho vigente con arreglo a las circunstancias del caso”, concluyó.

En cuanto a la actuación de Zelaya en la causa "Derecho, René Jesús y otro s/ denuncia por apremios ilegales” en perjuicio de Juan Francisco Bueno Alves, Casal  advirtió en el dictamen que el pronunciamiento por el que el juez fue sobreseído tampoco cuenta con la debida fundamentación.

Los casos “Bayarri” y “Bueno Alves” en la Corte Interamericana de Derechos Humanos

En 2008, la CIDH condenó al Estado argentino a pagar una indemnización y criticó a la justicia por su actuación en el caso de torturas que sufrió el ex policía Juan Carlos Bayarri para que confesara su supuesta participación en el secuestro del hoy (presidente) jefe de Gobierno porteño, Mauricio Macri. El tribunal dijo que el Estado violó derechos humanos de Bayarri, quien estuvo 13 años detenido bajo prisión preventiva acusado de integrar la "banda de los comisarios" y salió en libertad a raíz del fallo.

El ciudadano uruguayo Bueno Alves y su abogado, Alberto Pérez Galindo, fueron detenidos por la Policía Federal en 1988. El primero fue torturado para que suministrase datos sobre el abogado y se pudiese así fraguar un procedimiento penal en su contra –por lo que el domicilio del profesional fue allanado-. En 2007, la Corte Interamericana consideró que los hechos denunciados por Bueno Alves constituyeron un caso de torturas y por ende una vulneración a derechos humanos, por lo que entendió que el Estado Argentino debía realizar las investigaciones para determinar las correspondientes responsabilidades, además de ordenar una indemnización.