La causa se inició luego de que la provincia del Neuquén promoviera una demanda contra el Estado Nacional para obtener la nulidad de diversas resoluciones del Instituto Nacional de Asuntos Indígenas (INAI). A partir de esas normas, el instituto nacional había reconocido como personas jurídicas a las comunidades indígenas Lof Gelay Ko, Lof Maripil, Lof Lonko Purran, Lof Wiñoy Folil, Lof Lefiman y Lof Wiñoy Tayin Raquizuam, que habitan en Neuquén.

La provincia señaló que el INAI, al inscribir a las comunidades en el Registro Nacional de Comunidades Indígenas (Re.Na.Ci.), había desconocido sus facultades, ya que no le dio intervención previa a los organismos provinciales y tampoco promovió una actuación coordinada con ellos, de acuerdo a lo que establecen la Constitución Nacional, la ley 23.302 sobre Asuntos Indígenas, y el decreto reglamentario 155/89. Por este motivo, entendieron que las resoluciones eran nulas, debido a que habían sido dictadas de manera unilateral, sin realizar estudios antropológicos que acreditaran la preexistencia de esas comunidades, así como tampoco se verificó la ocupación tradicional de las tierras donde están asentadas, ni su identidad étnica, histórica y cultural.

Al momento de dictaminar, la procuradora fiscal ante la Corte Suprema, Laura Monti, señaló que la provincia del Neuquén no llegó a demostrar en ningún momento tener en el pleito un interés jurídicamente tutelable como para ser parte sustancial del proceso. En efecto, para la magistrada de la Procuración, la provincia, en el cuestionamiento que le hizo al INAI, no demostró que este organismo hubiera invadido sus facultades reservadas o que hubiera desconocido sus facultades concurrentes.

De hecho, entre los meses de septiembre de 1998 a enero de 1999, el INAI había realizado un proceso de concertación con las autoridades locales, entre las que estaban la Dirección General de Personas Jurídicas y Simples Asociaciones, el Ministerio de Acción Social, el Instituto de Asuntos Indígenas y la Confederación Indígena Neuquina. El objetivo de ese encuentro era consensuar un proyecto de convenio para regular la inscripción como personas jurídicas de las comunidades indígenas. Finalmente, se firmó un convenio, denominado "Convenio de Reconocimiento de la Personería Jurídica de las Comunidades Indígenas”, entre el INAI, la Secretaría de Desarrollo Social y la provincia del Neuquén. Allí, ambas jurisdicciones se comprometieron a coordinar acciones para llevar a cabo el registro de las comunidades indígenas y para asistirlas en su organización como personas jurídicas. Además, la provincia se obligó a realizar en su territorio la inscripción, modificación y extinción de ellas como personas jurídicas.

Sobre la base de ese convenio, comentó Monti, el INAI efectivamente remitió a la provincia las solicitudes de inscripción de las comunidades indígenas mapuches presentadas luego de la celebración del documento. Sin embargo, los representantes de Neuquén nunca trataron el tema.

En este sentido, la procuradora fiscal entendió que el INAI no avasalló las facultades reservadas y concurrentes de la provincia. Por el contrario, “ha respetado los principios de cooperación y coordinación con las autoridades locales que surgen del derecho vigente, realizando continuos esfuerzos para concretar la celebración y ejecución del acuerdo”, agregó.

Sin embargo, Monti señaló que no se podía llegar a la misma conclusión en relación con la provincia del Neuquén. En este sentido, destacó que la provincia violó la Constitución Nacional, al mantener una conducta deliberadamente unilateral, interferir la ejecución del convenio y los intereses del Estado Nacional y del INAI, “en perjuicio, incluso, de los derechos de las comunidades indígenas”.

Más adelante, la magistrada recordó que el art. 75, inc. 17, de la Constitución Nacional, pone en cabeza del Congreso Nacional la obligación de "reconocer la preexistencia étnica y cultural de los pueblos indígenas argentinos (...) y la personería jurídica de sus comunidades", y, agrega, que "... las provincias pueden ejercer concurrentemente estas atribuciones". Y junto a otras leyes que regulan la materia, Monti explicó que resulta facultativo para la comunidad indígena que peticione la inscripción como persona jurídica hacerlo en sede nacional o provincial, “puesto que ésta gozará de idéntico valor legal”.

De esta manera, la procuradora fiscal manifestó que las resoluciones de inscripción del INAI no había provocado un daño a la provincia del Neuquén, debido a que se demostró que las acciones llevadas a cabo por el organismo nacional se habían efectuado de acuerdo con el derecho vigente.