La subrogancia que se llevó a cabo durante el período que se inició con la renuncia del anterior Procurador General, Esteban Righi, y la designación de Alejandra Gils Carbó tenía como imperativo el ejercicio de facultades transitorias, propio de todo régimen de suplencia. En este sentido, la Corte Suprema de Justicia de la Nación, en el fallo "Rosza" (Fallos 330:2361), había remarcado el fundamento que subyace en los regímenes de subrogancia. Allí, el tribunal señaló que la finalidad de este nombramiento interino está en atenuar las consecuencias negativas que sobre el derecho de acceso a la justicia tiene la duración del proceso constitucional para la designación de magistrados. Por otro lado, la Corte Suprema también enfatizó que el cargo de un magistrado subrogante se trata de un régimen de contingencia, de carácter excepcional y transitorio, que sólo busca "eludir la paralización de la administración de justicia durante el proceso que insume la designación del titular".

Sin embargo, en ese marco de excepcionalidad y transitoriedad, el Procurador subrogante dictó diversas medidas que atañen al ejercicio de funciones elementales de este Ministerio Público Fiscal. Entre ellas, creó la Dirección de Cuerpos Técnicos de este organismo (Resolución PGN nro. 73/12), el Laboratorio Informático Forense (Resolución PGN nro. 49/12), modificó el Régimen de Selección de Magistrados del Ministerio Público Fiscal (Resolución PGN nro. 74/12); creó la Oficina de Optimización Laboral (Resolución PGN nro. 80/12), y constituyó una Comisión Redactora para la elaboración de un proyecto de Ley Orgánica del Ministerio Público Fiscal (Resolución PGN nro. 87/12). Algunas de estas medidas que implicaban cambios estructurales fueron resueltas incluso en momentos en los cuales el proceso de nombramiento de la actual Procuradora se hallaba muy avanzado.

Según dispuso Gils Carbó en la Resolución 337/12, "la cantidad y el alcance de las medidas mencionadas no se condicen con el carácter inminentemente transitorio de las facultades asignadas a los magistrados subrogantes".

En la Resolución se afirma que "las facultades del Procurador Subrogante no pueden desatenderse de la finalidad que resulta de las normas que regulan el régimen de subrogancia así como del principio de razonabilidad (art. 11, Ley nro. 24.946; art. 7, inc. f, Ley nro. 19.549 y art. 28, Constitución Nacional)".

Por esos motivos, y teniendo en cuenta que esas resoluciones -a excepción de la Resolución PGN 87/12- fueron dictadas sin darle previa intervención a la Asesoría Jurídica, Gils Carbó resolvió dejarlas sin efecto.

Luego, la Procuradora General aclaró que "oportunamente y a los fines del cumplimiento de los objetivos y prioridades establecidos en el marco de esta gestión, se dictarán las medidas pertinentes en materia de fijación de la política criminal y de persecución penal, de organizacional funcional y de superintendencia, así como se coordinará la elaboración de proyectos de reformas legislativas a ser elevados ante el Poder Legislativo de la Nación".

Por último, cesado el régimen excepcional y transitorio y en atención a las limitaciones al ejercicio de facultades por parte del Procurador Subrogante, Gils Carbó también resolvió dejar sin efecto lo dispuesto por la Resolución MP 60/12, por lo que los fiscales federales Pedro Eugenio Simón y Fernando Gustavo Javier Gimena retomaron las funciones y cargos que ostentaban con anterioridad.