Delgado presentó su excusación luego de que el juez Bonadío declarara nula la actuación preliminar del fiscal contra Marcos Chicote, ex gerente general de operaciones de TBA. Bonadío rechazó la excusación, pero hizo lugar a la recusación pedida por la defensa de Chicote contra Delgado. Además, el juez le pidió al fiscal que se presente en el juzgado para participar de una audiencia destinada a tramitar los argumentos por los cuales los abogados defensores solicitaron que se aparte de la causa.

El defensor de Marcos Chicote presentó ante el juez Bonadío un pedido de recusación del fiscal, respecto del supuesto agravio que habría sufrido su defendido, por la “solicitud de un legajo y la constatación de accidentes ferroviarios” que Federico Delgado solicitó, en el marco de una investigación preliminar, a raíz de una denuncia impulsada por el gremialista ferroviario Rubén Sobrero.

Como consecuencia de esa investigación, Delgado pidió al juez de la causa que incorpore a Chicote como un nuevo investigado en la causa, pero el juez respondió con la anulación de la investigación realizada por el fiscal e hizo lugar a la recusación.

Frente a esto, Delgado consideró que el juez, “al darle trámite y dilatar la decisión, en cierto modo acogió la maniobra de sustituir la fiscalía que representa al Ministerio Público Fiscal”. Sostuvo además que  “la orden de comparecer en las condiciones en que fue formulada está orientada, en principio, solamente a teatralizar cara a cara la repetición de razones que ya tiene escritas”.  En la visión del fiscal, estas razones tornaron la situación “intolerable”.

Por último, Delgado consideró, a raíz de los obstáculos enfrentados durante la instrucción de la causa, que “si no puedo garantizar que mi discurso sea portador de razón, si no puedo separar las chicanas de los hechos para analizarlos a la luz de la ley, si no puedo separar el ambiente en que se continúa desplegando la instrucción, entonces  por honestidad intelectual me aparto de éste proceso”.

La causa en la que se investiga la responsabilidad que tuvieron los ex secretarios de Transporte, Ricardo Jaime y Juan Pablo Schiavi, y los empresarios, Mario y Claudio Cirigliano, en la tragedia del 22 de febrero de 2012 que culminó con la muerte de 51 personas se encuentra a la espera del inicio del juicio oral.